律师助理在发表辩护意见时，尤其不能发表危害国家安全、恶意诽谤他人、严重扰乱法庭秩序的言论。

具体来说，律师助理在刑事辩护过程中，虽然可以协助律师进行相关工作，但在出庭时，其权利受到一定限制，需要事先征得法院同意，并且不能发表辩护意见。这是因为辩护意见需要由具有辩护资格的律师来发表，而律师助理通常不具备这一资格。此外，即使律师助理在某些情况下被允许发言，也必须严格遵守法庭规则和职业道德，不得发表任何不当言论。

特别是上述提到的三种言论，不仅可能违反法律法规，还可能对当事人的合法权益造成损害，甚至影响法庭的正常秩序和公正审判。因此，律师助理在协助律师进行刑事辩护时，应当谨言慎行，遵守相关法律法规和职业道德规范，确保自己的言行符合法律要求。