公司法定代表人是百分之百的独立股东可以作为被告。
在公司法务的框架下，公司法定代表人，无论其是否为公司百分之百的独立股东，都具备作为被告的法律资格。这是因为法律诉讼的被告资格并不取决于其在公司中的股权比例或职位，而是基于其可能涉及的法律行为或法律关系。
法律地位：公司法定代表人作为公司的代表，对外代表公司从事民事活动，其法律地位是独立的。即使其是公司百分之百的独立股东，也不影响其作为自然人的法律地位，因此可以作为被告参与诉讼。
诉讼主体资格：在诉讼中，只要存在法律争议，且该争议涉及具体的法律关系，那么相关主体就具备作为诉讼参与人的资格。公司法定代表人作为可能涉及法律争议的一方，自然可以作为被告。
股权比例与诉讼资格的关系：股权比例仅代表在公司内部的权益分配，与作为诉讼被告的资格无直接关联。无论股权比例多少，都不影响公司法定代表人作为被告的法律资格。
综上所述，公司法定代表人是百分之百的独立股东时，仍然可以作为被告参与诉讼。这是基于其法律地位、诉讼主体资格以及股权比例与诉讼资格无直接关联的法律原则所得出的结论。