关于您提出的“住院费由第三方出，商业保险是否会赔偿”的问题，这确实是一个涉及保险理赔的复杂情况，需要具体根据您所购买的商业保险合同条款以及实际情况来判断。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们要明确的是，商业保险的赔偿原则通常是基于合同约定的。在大多数情况下，商业保险（特别是医疗费用保险）会设定一些条件或限制，关于是否可以从第三方获得赔偿后再由保险公司赔付，或者是否可以直接由保险公司先行赔付而无需先向第三方索赔。
合同条款是关键：
- 您的商业保险合同中可能会有明确的条款规定，如果医疗费用应由第三方（如肇事者或其保险公司）赔付，那么保险公司可能不会重复赔偿这部分费用。这通常被表述为“被保人已从第三方获取的费用补偿不予赔付”。
- 然而，也有一些保险合同可能允许在第三方未赔付或赔付不足的情况下，由保险公司先行赔付。这取决于具体的合同条款。
实际操作中的灵活性：
- 在实际操作中，即使保险合同中有规定需先向第三方索赔，您也有权选择先向保险公司申请赔偿。根据《健康保险管理办法》的相关规定，被保险人可以同时拥有多份有效的费用补偿型医疗保险保险单，并可以自主决定理赔申请顺序。
- 保险公司可能会要求您提供第三方赔偿的相关证明，或者在与您协商后，直接参与第三方的赔偿谈判。
特殊情况的处理：
- 如果您的保险合同中将“应当由第三方负担的费用”直接列为责任免除条款，那么在这种情况下，保险公司是不会承担赔偿责任的。
- 另外，如果您的保险合同中有关于报销比例的具体规定（如“有社保版本”需先用社保报销），这也可能影响最终的赔偿金额。
综上所述，住院费由第三方出时，商业保险是否会赔偿取决于您所购买的保险合同的具体条款以及实际情况。因此，我建议您在申请赔偿前，仔细阅读您的保险合同，了解其中的赔偿条件和限制。如果您对合同条款有任何疑问或不确定的地方，可以联系保险公司或专业的保险顾问进行咨询。同时，您也可以根据合同的约定和实际情况，与保险公司协商确定最佳的赔偿方案。