在刑事案件中，如果本金已经退赔但没有被认定为犯罪金额，这通常意味着退赔的本金部分在法律上可能并未被视为直接由犯罪行为所得或用于犯罪行为。针对这种情况，我们可以从以下几个角度进行分析：

1. 法律认定角度：

   • 犯罪金额的认定在刑事案件中是一个重要的环节，它直接关系到罪名的成立、量刑的轻重以及退赔责任的承担。如果本金没有被认定为犯罪金额，那么这部分资金在法律上可能就不属于需要追缴或退赔的范畴。
   • 退赔本金可能出于多种原因，如被告人自愿退赔以减轻罪责、或者是在案件调查过程中发现该部分资金并未直接涉及犯罪行为等。

2. 法律后果角度：

   • 对于被告人而言，本金未被认定为犯罪金额可能意味着在量刑时会得到一定的从轻或减轻处理，因为退赔行为本身可能被视为一种悔罪表现。
   • 同时，这也可能影响被害人的权益保护。如果本金未被认定为犯罪金额，被害人可能无法通过刑事程序直接获得这部分资金的赔偿。

3. 后续处理建议：

   • 如果你作为被告人或被害人的代理人，对本金未被认定为犯罪金额有异议，可以依法提出申诉或请求复议，要求重新审查相关证据和事实。
   • 如果本金确实与犯罪行为无关，且你已经退赔，那么可以保留相关证据，以备未来可能涉及的民事纠纷或诉讼中使用。

4. 特别注意：

   • 刑事案件中的法律认定和程序复杂多变，具体案件的处理结果可能因案情、证据、法律适用等多种因素而有所不同。
   • 因此，在处理类似问题时，建议咨询专业的刑事辩护律师，以获取更具体、更准确的法律意见和帮助。

综上所述，本金在刑事案件中退赔了但没有被认定为犯罪金额，可能涉及法律认定、法律后果以及后续处理等多个方面。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。