企业申请行政赔偿的流程相对复杂且严谨，以下是详细步骤及注意事项：
一、明确前提条件
首先，需要确认行政行为是否违法。这是申请行政赔偿的前提条件，可以通过以下两种途径实现：
- 行政复议：自知道具体行政行为之日起六十日内（法律另有规定的除外）向行政复议机关提出申请，由其对行政行为的合法性和合理性进行审查。
- 行政诉讼：自知道或应当知道作出行政行为之日起六个月内（法律另有规定的除外）向人民法院提起诉讼，由法院对行政行为的合法性进行判决。
二、提出赔偿申请
在确认行政行为违法后，企业可向赔偿义务机关（即作出违法行政行为的行政机关或法律法规授权的组织）提出赔偿申请。申请方式有两种：
单独提出：
- 方式：书面申请书（建议采用此方式，以便后续处理）或口头申请（由赔偿义务机关记入笔录）。
- 时间：自知道或应当知道权益被侵害之日起两年内（被羁押等限制人身自由期间不计算在内）。请务必注意这一时限，逾期可能丧失申请权利。
- 材料：申请书需详细写明受害企业信息、具体要求、事实根据、理由及法律依据等，并附上相关证据材料，如行政决定书、损失证明等。证据材料应真实、全面，以增强申请的可信度。
一并提出：在申请行政复议或提起行政诉讼的同时提出赔偿请求。
三、赔偿义务机关的处理流程
赔偿义务机关收到申请后，将按照以下流程进行处理：
- 受理：对申请进行审查，符合条件的予以受理；不符合条件的，书面通知并说明理由。
- 审理：自收到申请之日起两个月内，进行详细调查核实，充分听取赔偿请求人的意见，并可与其就赔偿方式进行协商。
- 决定：根据调查结果，作出是否赔偿的决定。若决定赔偿，制作赔偿决定书并送达请求人；若不予赔偿，书面通知并说明理由。
四、救济途径
若对赔偿义务机关的决定不服，或赔偿义务机关在规定期限内未作出决定，企业可采取以下救济措施：
- 行政复议或行政诉讼：自期限届满之日起三个月内向人民法院提起诉讼，或向上一级行政机关申请行政复议（法律规定行政复议为最终裁决的除外）。
- 法院判决执行：若胜诉而赔偿义务机关不履行判决，可向第一审人民法院申请强制执行。
五、注意事项
在申请过程中，企业应注意以下事项：
- 积极配合调查：赔偿请求人应积极配合赔偿义务机关的调查工作，及时提供必要的证据和信息。
- 保留相关文件：注意保留所有与赔偿相关的文件和资料，以备后续使用。
- 遵循法定程序：了解并遵循法定程序和时限要求，确保自身权益得到有效维护。
综上所述，企业申请行政赔偿需要明确前提条件、准备充分材料、按照法定程序提出申请，并在必要时采取救济措施。在整个过程中，企业应保持与赔偿义务机关的沟通与合作，以确保赔偿申请的顺利进行。