如果离职申请表不见了，您可以按照以下步骤来处理：
一、及时沟通
首先，尽快与离职员工取得联系，说明情况，并询问他们是否还保留有离职申请表的副本或电子版。如果员工能够提供，那么问题就迎刃而解了。
二、查找公司存档
人事部门查询：联系公司的人事或行政部门，查看他们是否有离职申请表的存档或记录。通常，这些部门会保留员工的离职文件，包括离职申请表。
电子档案系统：如果公司使用电子档案系统，尝试在系统中搜索离职员工的姓名或相关信息，看是否能找到离职申请表的电子版本。
三、补办离职手续
如果无法找到离职申请表的原件或副本，您可能需要与离职员工协商，重新补办离职手续。这通常包括以下几个步骤：
填写新申请表：让离职员工重新填写一份离职申请表，或者由公司人事部门提供一份新的申请表让员工填写。
审批流程：按照公司的离职审批流程，将新填写的离职申请表提交给相关部门进行审批。
更新记录：审批通过后，及时更新公司的员工离职记录，确保离职员工的离职手续完整无误。
四、注意事项
合规性：在处理离职申请表丢失的问题时，务必遵守公司的规章制度和劳动法规，确保处理过程合法合规。
保密性：在处理离职员工的信息时，要注意保护员工的隐私和个人信息，避免泄露或滥用。
及时性：尽快处理离职申请表丢失的问题，以免影响离职员工的权益和公司的正常运营。
总之，离职申请表不见了并不是一个无法解决的问题。通过及时沟通、查找公司存档以及补办离职手续等方式，您可以有效地解决这个问题，并确保离职员工的离职手续得以顺利完成。