合同工资低于到手工资，员工仲裁公司一般不能追回已发放的高于合同约定的工资。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同工资与到手工资的关系：

   • 合同工资是劳动合同中明确约定的工资数额，是劳动者与用人单位之间就劳动报酬达成的书面协议。
   • 到手工资是劳动者实际收到的工资数额，可能包括合同工资以及用人单位根据经营情况、员工表现等额外发放的奖金、津贴等。

2. 仲裁的法律依据：

   • 劳动仲裁主要依据劳动合同和相关法律法规进行裁决。
   • 如果用人单位实际发放的工资高于劳动合同约定的工资，且没有违反法律法规的强制性规定，那么这部分额外发放的工资通常被视为用人单位对员工的奖励或福利，不属于应当追回的范围。

3. 可能的情况分析：

   • 如果用人单位以误发、多发等理由要求追回已发放的高于合同约定的工资，且能够提供充分的证据证明这一事实，那么劳动者可能需要配合用人单位进行追回。但这种情况在实践中较为罕见。
   • 如果用人单位与劳动者之间就额外发放的工资存在争议，且无法通过协商解决，那么劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。

4. 法律建议：

   • 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，确保对合同工资等关键信息有清晰的理解。
   • 如果实际收到的工资与合同约定的工资不符，应及时与用人单位沟通，了解原因并妥善处理。
   • 如果用人单位存在违法克扣、拖欠工资等行为，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

综上所述，合同工资低于到手工资时，员工仲裁公司一般不能追回已发放的高于合同约定的工资。但具体情况还需根据劳动合同的具体内容、用人单位的规章制度以及相关法律法规进行综合判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。