如果租户明知新房存在甲醛问题却仍然选择起诉房东，可以按照以下步骤来有序处理，并确保自己的权益得到有效维护：

第一步：收集确凿证据

这是整个维权过程的基础。你需要聘请具有专业资质和认证的甲醛检测机构对房屋进行详细的检测，并确保检测报告明确显示甲醛超标的数据。同时，保留所有与房东就甲醛问题进行沟通的记录，如微信聊天记录、短信、通话录音等。此外，拍摄房屋内可能释放甲醛的家具、装修材料的照片或视频，以及因甲醛问题导致的身体不适（如有）的相关证据。如果居住者因甲醛超标出现了健康问题，务必保存好医院的诊断证明、病历、检查报告等医疗记录。最后，别忘了保留租房合同的原件或复印件，作为双方租赁关系的法律依据。

第二步：尝试与房东协商

在收集到足够证据后，建议先与房东进行沟通，尝试通过协商解决问题。你可以提出要求房东进行除甲醛处理、减免部分租金、提前解除租赁合同等合理诉求。如果房东同意并采取了有效措施来解决问题，那么就可以避免诉讼的复杂性和时间成本。

第三步：寻求法律援助或咨询专业律师

如果与房东协商无果，那么你应该寻求法律援助或咨询专业律师。选择一位具备租赁纠纷处理经验和专业知识的律师，他们可以帮助你评估案件的可行性、准备诉讼材料以及提供法律建议和指导。律师的介入将大大提高你维权的成功率和效率。

第四步：确定诉讼请求与撰写起诉状

在律师的协助下，你需要明确自己的诉讼请求，如解除租赁合同、退还租金和押金、赔偿因甲醛问题导致的损失（包括医疗费用、误工费、重新寻找住房的费用等）。然后，撰写起诉状，详细叙述甲醛超标的事实、检测结果、向房东反映的过程以及法律依据等。起诉状应包含原被告信息、诉讼请求、事实与理由以及证据和证据来源等要素。

第五步：立案与提交材料

携带起诉状、证据材料（一式多份，根据被告人数和法院要求确定份数）以及身份证明等相关材料前往房屋所在地的基层人民法院立案窗口提交立案申请。法院将审查你的材料，如果材料不全或不符合要求，可能会要求你补充或修改。

第六步：参加诉讼

一旦法院立案，你将收到开庭通知，包括开庭时间、地点等信息。你需要按时参加庭审，陈述案件事实、出示证据并进行辩论。在庭审过程中，保持冷静和理性，清晰、准确地表达自己的观点和诉求，并回答法官的提问。同时，针对房东的答辩意见进行有针对性的反驳。

第七步：执行判决结果

如果法院判决支持你的诉讼请求，而房东未主动履行判决义务，你可以在规定期限内向法院申请强制执行。法院将采取一系列措施来查询、冻结或扣划房东的财产，以确保判决得以执行并维护你的合法权益。

总之，面对新房甲醛问题起诉房东的情况，你需要保持冷静和理性，按照上述步骤有序处理。通过收集确凿证据、与房东协商、寻求法律援助或咨询专业律师以及参加诉讼等步骤来维护自己的合法权益。