持有5000元的欠条是可以向法院起诉的。只要符合《中华人民共和国民事诉讼法》规定的起诉条件，即原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由，且属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖，法院就应当立案受理。欠款金额的大小并不是决定是否可以立案起诉的关键因素。

在具体操作中，你需要准备好民事诉讼状，并收集相关证据材料，如欠条、转账记录等，以证明你与被告之间存在债权债务关系。然后，向具有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，你应当按照法院的通知准时出席参与诉讼活动。

如果法院受理了你的案件，并依法进行了审理，且你的证据充分，那么你的债权主张通常会得到法院的支持。如果胜诉后，对方不履行判决，你还可以申请强制执行来实现你的债权。

总的来说，无论欠款金额多少，只要符合法律规定的起诉条件，你都有权向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。