在合同中约定扫描件盖章有效，可以明确表达为：“本合同双方同意，扫描件盖章与原件具有同等法律效力。”为了确保这一约定的清晰性和法律有效性，建议在实际操作中注意以下几点：
一、明确约定在合同中
在合同的正文中，可以专门设立一个条款来明确扫描件盖章的有效性。例如：“本合同自双方盖章（包括扫描件盖章）之日起生效，扫描件盖章与原件盖章具有同等法律效力。”
如果合同已经有其他关于生效或形式要求的条款，应确保新加入的关于扫描件盖章的约定与这些条款不冲突，或对这些条款进行必要的修改和补充。
二、双方确认并签字
在合同中加入关于扫描件盖章的约定后，应确保双方都对这一约定进行了充分的了解和确认。
双方可以在合同上签字或盖章，以表示对合同内容（包括扫描件盖章的约定）的认可和接受。
三、保留证据和记录
在扫描盖章的过程中，应确保扫描件的质量清晰、内容完整，并且能够准确地反映原合同的内容和双方的意思表示。
双方应妥善保存扫描件和相关的电子记录，以便在需要时作为证据使用。
四、考虑法律适用和争议解决
在合同中明确约定法律适用和争议解决的方式，以便在因扫描件盖章引发争议时，能够有明确的法律依据和解决方案。
如果可能的话，可以咨询专业的法律顾问或律师，以确保合同中的约定符合相关法律法规的要求，并能够在实际操作中得到有效的执行。
综上所述，通过在合同中明确约定扫描件盖章的有效性，并采取必要的措施来确保这一约定的清晰性、法律有效性和可执行性，可以有效地避免因扫描件盖章而引发的争议和风险。