结论前置：交警在摩托车交通事故中扣你汽车驾驶证16分，这一行为是否合法，需具体分析。一般情况下，交警的扣分行为应基于具体的交通违法行为，并且需要遵循法定的程序和标准。如果扣分行为没有明确的法律依据或者程序不当，那么该行为可能不合法。

分析说明：

1. 扣分依据：首先，要明确交警扣分的依据。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，交通违法行为记分是为了维护道路交通秩序，预防和减少交通事故，保护人身安全，保护公民、法人和其他组织的财产安全而制定的。记分是对驾驶人交通违法行为的处罚，其前提是有明确的交通违法行为。

2. 摩托车与汽车驾驶证的关系：其次，要区分摩托车驾驶证和汽车驾驶证。如果你的摩托车交通事故与你的汽车驾驶证无关，即你驾驶的是摩托车而非汽车，并且违法行为不涉及你的汽车驾驶证，那么交警扣你的汽车驾驶证分数是不合适的。

3. 扣分程序的合法性：再者，扣分行为需要遵循法定的程序。交警在扣分前应当进行充分的调查，确保违法事实清楚、证据确凿，并且应当告知当事人扣分的事实、理由和依据，以及当事人依法享有的权利。如果交警没有遵循这些程序，那么扣分行为可能构成程序违法。

4. 具体情境分析：最后，要具体分析你的摩托车交通事故情况。比如，你是否存在闯红灯、逆行、超速等严重交通违法行为？这些行为是否与你的汽车驾驶证有关联？交警在扣分时是否向你出示了相关的证据和依据？这些都是判断扣分行为是否合法的重要因素。

法律建议：

• 如果你认为交警的扣分行为不合法，你可以向交警部门提出申诉，要求他们提供扣分的具体依据和程序，并对你的申诉进行复核。
• 如果交警部门的回复仍然不能让你满意，你可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，比如向法院提起行政诉讼。

总之，交警扣你汽车驾驶证16分是否合法，需要具体分析扣分依据、摩托车与汽车驾驶证的关系、扣分程序的合法性以及具体情境。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。