核心结论：摩托车被报废处理后，驾驶证扣分的处理方式需结合具体违法情形确定，主要分为以下两种情况：

1. 因驾驶报废摩托车被扣分
   根据《道路交通安全法》第100条及《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶已达报废标准的机动车上道路行驶的，公安机关交通管理部门将：

   • 强制收缴并报废车辆（您已经历此环节）；
     
   • 对驾驶人处200-2000元罚款，并吊销机动车驾驶证（而非单纯扣分）；
     
   • 吊销后需满2年方可重新申领，且重新考试时需通过全部科目。
     关键点：此情形下驾驶证会被直接吊销，无“扣分后处理”的缓冲空间，需重新考取驾照。

2. 因其他违法行为被扣分（与报废无关）
   若扣分是因其他交通违法（如闯红灯、超速等），且摩托车被报废是独立事件，则：

   • 扣分按原违法记录处理，需在记分周期结束前通过“交管12123”APP或线下窗口处理；
     
   • 若扣分满12分，需参加7天交通安全学习并重考科目一；
     
   • 若扣分未满12分，记分周期结束后自动清零（但需缴纳罚款，否则可能影响驾照审验）。
     关键点：报废处理与扣分无直接关联，需分别处理车辆报废手续和违法记分。

补充说明：

• 若您对扣分原因有异议（如认为车辆报废与违法无关），可向交警部门申请行政复议，需提供车辆报废证明、违法时间地点等证据；
  
• 驾驶证吊销后重新申领时，需提交身体条件证明、通过全部科目考试，且无吸毒、酒驾等禁止申领情形。
  

如有具体违法记录或处罚文书，可进一步提供细节，我会帮您分析处理流程。