结论前置：被告请求判决房产证无效，在符合一定条件下，可以构成反诉。
分析说明：
在诉讼程序中，反诉是指在一个已经开始的民事诉讼（诉讼法上称为本诉）程序中，本诉的被告（本题中的“被告”）以本诉原告（本题中的“原告”）为被告，向受诉法院提出的与本诉有牵连的独立的反请求。该权利亦是当事人法律地位平等原则的重要体现，是本诉被告所享有的重要权利，是保障本诉被告人民事权益的一项重要制度。
判断被告提出的请求是否构成反诉，需要看其是否满足以下条件：
反诉与本诉的当事人具有同一性：即本诉与反诉的原告和被告是互相颠倒的，本题中，原告告被告排除妨害，而被告请求判决房产证无效，显然原、被告主体是互相颠倒的，满足这一条件。
反诉请求具有独立性：即反诉请求本身是一个独立的诉，本题中，被告请求判决房产证无效，这是一个独立的诉讼请求，不依赖于本诉而存在，满足独立性要求。
反诉请求与本诉请求具有牵连性：即反诉请求与本诉请求在事实或法律上有牵连关系。本题中，原告请求排除妨害，其前提是基于其认为自身对房产拥有合法权利；而被告请求判决房产证无效，如果成立，则直接影响原告对房产的权利基础。因此，两者在事实或法律上存在牵连关系。
综上所述，被告请求判决房产证无效，在符合上述条件的情况下，可以构成对原告的反诉。需要注意的是，具体是否构成反诉，还需要法院根据案件的具体情况进行审查和认定。如果被告认为自己的房产证确实存在问题，且该问题与原告的诉讼请求有牵连关系，那么被告可以在诉讼过程中向法院提出反诉请求，由法院依法进行审理和判决。