法院在审理盗窃刑事案件中，发现公诉机关认定被害人有误，应当通知公诉机关进行更正或者补充侦查，也可以自行调查核实。具体分析如下：

一. 法律依据

• 《刑事诉讼法》第一百九十五条：“在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决”。
• 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第二百九十七条：“审判期间，人民法院发现新的事实，可能影响定罪量刑的，或者需要补查补证的，应当通知人民检察院，由其决定是否补充、变更、追加起诉或者补充侦查。人民检察院不同意或者在指定时间内未回复书面意见的，人民法院应当就起诉指控的事实，依照本解释第二百九十五条的规定作出判决、裁定”。

二. 具体分析

1. 法院职责：法院在审理案件时，有责任确保案件的事实清楚，证据确实、充分。如果发现公诉机关认定的被害人有误，这直接影响到案件的定罪量刑，因此法院不能视而不见，必须采取相应措施进行更正。
2. 通知公诉机关：法院应当首先通知公诉机关，指出其认定的被害人有误，并要求其进行更正或者补充侦查。这是因为公诉机关是负责提起公诉的机关，其对案件的掌握和了解更为深入，由其进行更正或补充侦查更为合适。
3. 自行调查核实：如果公诉机关在指定时间内未能进行更正或补充侦查，或者法院认为有必要自行调查核实的，法院也可以自行进行调查核实。这是为了确保案件的公正、准确处理，防止因被害人认定错误而导致冤假错案的发生。

三. 总结

综上所述，法院在审理盗窃刑事案件中，发现公诉机关认定被害人有误时，应当及时通知公诉机关进行更正或者补充侦查，也可以自行调查核实。这是法院确保案件公正、准确处理的必要措施，也是维护被告人合法权益的重要保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。