中介写的论文不合格，你有权不支付全额款项。针对这一问题，我们可以从合同法的角度进行分析：

一. 合同履行与验收标准

1. 依据合同约定：根据《合同法》的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果中介与你签订的合同中明确规定了论文的质量标准和验收标准，那么中介提供的论文应当符合这些标准。
2. 验收不合格的后果：如果论文不符合合同约定的标准，你有权要求中介进行修改或者拒绝接受，并据此不支付或减少支付款项。

二. 质量不合格的证据

1. 提供证据：在主张论文不合格时，你需要提供充分的证据来证明论文存在质量问题，如论文的评分、导师或评审人的反馈等。
2. 证据的重要性：这些证据将作为你拒绝支付或要求退款的重要依据。如果没有确凿的证据，你的主张可能难以得到支持。

三. 支付与退款的处理

1. 部分支付：如果论文虽然存在质量问题，但中介已经付出了一定的劳动，你可以考虑支付部分款项作为对其劳动的补偿。
2. 全额退款：如果论文完全不符合约定，且中介无法或拒绝进行修改，你有权要求全额退款。

综上所述，在中介写的论文不合格的情况下，你有权根据合同的约定和论文的实际质量来决定是否支付款项以及支付多少。我建议你在与中介沟通时，明确表达你的立场和要求，并保留好相关证据以备不时之需。如有进一步需要，你可以继续咨询我。