如果发现自己版权登记的作品实际上侵权了别人的版权，应当立即停止侵权行为，主动与对方沟通协商，并采取必要措施消除影响，赔偿损失。以下是具体的处理建议：

一. 立即停止侵权行为

发现自己版权登记的作品侵权后，应立即停止所有涉及该作品的侵权行为，包括但不限于使用、传播、销售等。这是避免进一步侵权损害的首要步骤。

二. 主动与对方沟通协商

1. 承认错误并致歉：首先，应向被侵权的版权持有人承认错误，并就侵权行为表示诚挚的歉意。
2. 提出解决方案：主动与被侵权方协商，提出合理的解决方案，如撤销错误的版权登记、停止使用侵权作品、赔偿损失等。

三. 消除影响并赔偿损失

1. 公开声明：在可能的情况下，通过公开渠道（如社交媒体、官方网站等）发布声明，承认侵权并表达歉意，以消除对被侵权方的不良影响。
2. 赔偿损失：根据侵权行为的严重程度和被侵权方的实际损失，协商确定赔偿金额，并及时支付。赔偿金额应涵盖被侵权方的直接经济损失以及合理的维权费用。

四. 加强版权意识与管理

1. 增强版权意识：深刻反思此次侵权行为，加强对版权法律法规的学习和理解，提高版权意识。
2. 加强版权管理：建立完善的版权管理制度，对作品进行严格的审核和把关，确保不再发生类似的侵权行为。

五. 法律后果

如果侵权行为严重，且未能及时采取有效措施消除影响并赔偿损失，可能会面临被起诉的风险。一旦被起诉，可能会承担更严重的法律责任，包括但不限于支付更高的赔偿金额、承担诉讼费用等。

我建议，在发现自己版权登记的作品侵权后，应尽快采取上述措施，以最大限度地减少对被侵权方的损害，并降低自身的法律风险。同时，也要加强版权意识和管理，避免类似的侵权行为再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。