当您发现版权登记后的著作权被侵犯时，作为版权持有人，您应当采取一系列有序且有力的措施来维护自身合法权益。以下是一套详细且条理清晰的处理流程，旨在帮助您有效应对侵权行为：

一、保持冷静，明确侵权情况

1. 详细审查侵权指控：首先，您需要认真阅读对方提供的书面说明（如果有的话），明确其指控的侵权行为具体内容、理由和依据。同时，回顾自己的版权登记情况，确认版权登记是否合法、完整且在有效期内。

2. 全面了解侵权事实：通过调查和收集信息，明确著作权被侵犯的具体情况，包括侵权作品的形式、传播渠道、侵权行为的时间地点等。

二、全面收集证据

1. 固定对方侵权证据：

   • 保存与对方的沟通记录，如邮件、短信、聊天记录等，这些可能包含对方承认侵权的证据。
   • 收集侵权作品的实物或电子版本，以及侵权作品在网站、社交媒体等平台的传播截图。
   • 记录侵权人的信息，如姓名、联系方式、经营主体资格等，以便后续法律程序使用。

2. 整理自身版权证据：

   • 版权登记证书是证明著作权归属的核心证据，务必妥善保管。
   • 准备作品的底稿、原件、创作过程资料（如草图、创作笔记）等，以辅助证明创作者身份和作品的独立创作性。

三、与侵权方协商

1. 主动联系对方：在掌握充分证据后，您可以主动与对方进行友好沟通，指出侵权行为，并明确提出停止侵权、赔礼道歉、赔偿损失等要求。

2. 保留沟通记录：在协商过程中，务必保留所有沟通记录，包括邮件、短信、通话录音等，以备后续法律程序使用。

3. 发送律师函（可选）：若沟通无果，您可以考虑委托律师向对方发送律师函，正式表明立场并要求对方停止侵权行为。

四、向相关机构投诉

1. 著作权行政管理部门：向国家版权局或地方版权局提交投诉材料，请求介入调查并处理侵权行为。行政部门有权对侵权方作出行政处罚，如罚款、没收违法所得等。

2. 网络服务提供商：若侵权行为发生在网络上，您可以向网络服务提供商发送侵权通知，要求其采取删除、屏蔽、断开链接等措施。网络服务提供商有义务及时处理侵权内容，否则可能承担连带责任。

五、提起民事诉讼

1. 确定管辖法院：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，选择侵权行为地或被告住所地人民法院提起诉讼。

2. 准备诉讼材料：起诉状应明确原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实和理由。证据材料需按逻辑顺序整理，并制作证据清单，以便法院审理。

3. 参加诉讼：遵守法庭纪律，按照法定程序进行举证、质证、辩论等环节。法院将依法作出判决，您可根据判决结果决定是否提起上诉。

六、考虑刑事控告（如适用）

对于情节严重、构成犯罪的侵权行为，如以营利为目的的大规模盗版、复制发行等，您可以向公安机关报案，追究侵权方的刑事责任。公安机关立案后，您应积极配合调查工作，提供相关证据和线索。

七、加强预防措施

1. 添加版权标识：在作品上添加明显的版权标识，如©符号、版权声明等，以警示潜在侵权者。

2. 定期监测：定期监测市场上的侵权行为，及时发现并采取措施进行维权。您可以使用专业的版权监测工具或委托第三方机构进行监测。

3. 法律援助：考虑聘请专业律师或法律顾问，以便在必要时提供法律咨询和援助。他们可以帮助您制定维权策略、处理法律程序等。

综上所述，面对版权登记后的著作权被侵犯情况，您应保持冷静、有序地采取一系列措施来维护自身权益。从明确侵权情况、收集证据到与侵权方协商、向相关机构投诉、提起民事诉讼乃至刑事控告，每一步都需谨慎而有序地进行。同时，加强预防措施也是保护著作权的重要手段。