针对您儿子身份证被用来注册了4家公司，且现在儿子不配合注销的情况，您可以采取以下措施：
首先，建议您与儿子进行深入的沟通，了解他为何不愿意配合注销这些公司。可能是他对这些公司的存在有一定的认知或误解，或者担心注销会对他产生某种不利影响。通过沟通，您可以帮助他理解注销这些公司的必要性，以及不注销可能带来的潜在风险，如法律责任、信用记录受损等。
如果沟通无果，您可以考虑采取以下具体步骤：
与公司协商：
- 尝试联系这些公司的实际经营者或管理者，说明情况，并请求他们配合办理注销手续。
- 如果儿子在这些公司中持有股份，可以尝试通过股东大会的形式，将股份转让给其他人，以便更顺利地完成注销。
向公司注册部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向工商部门（即公司注册部门）投诉，说明儿子身份证被冒用注册公司的情况，并提供相应证据。
- 工商部门在查证属实后，有权依法对这些公司进行注销处理。
向公安机关报案：
- 冒用他人身份证注册公司是违法行为，您可以向公安机关报案，请求他们介入调查。
- 公安机关在调查清楚后，会对相关责任人进行处罚，并协助您办理公司注销手续。
向法院起诉：
- 如果以上途径都无法解决问题，您可以考虑向法院起诉，要求确认儿子在这些公司中的股东身份无效，并请求法院判令相关责任人配合办理注销手续。
- 法院在审理此类案件时，会根据事实和法律规定作出公正判决。
在处理此问题的过程中，建议您保留好所有相关证据，如身份证复印件、公司注册信息、沟通记录等，以便在需要时提供证明。同时，您也可以咨询专业律师的意见，以确保您的合法权益得到充分保护。