当您在单位辞职时，若存在两次工伤，赔偿事宜将依据具体情形来确定。以下是对此问题的详细解答：

一、明确工伤认定等级

首先，对于每次工伤，都需要进行工伤认定，并确定伤残等级。这是计算赔偿金额的关键步骤。工伤认定通常由劳动行政部门进行，根据工伤的严重程度，会给出相应的伤残等级。

二、赔偿项目

对于工伤辞职人员，赔偿项目通常包括：

1. 一次性伤残补助金：根据工伤等级按相应月数的本人工资计发。例如，十级工伤为7个月本人工资。
2. 一次性工伤医疗补助金：由工伤保险基金支付，用于补偿工伤职工离职后可能产生的医疗费用。具体标准因地区而异，通常与当地上年度职工月平均工资挂钩。
3. 一次性伤残就业补助金：由用人单位支付，旨在补偿工伤职工因工伤导致就业能力下降而在离职后面临的就业困难。同样，具体标准也因地区而异。

三、计算方法

1. 确定本人工资：在计算赔偿金额时，以工伤职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前12个月平均月缴费工资为准。若本人工资高于统筹地区职工平均工资300%的，按照统筹地区职工平均工资的300%计算；若本人工资低于统筹地区职工平均工资60%的，按照统筹地区职工平均工资的60%计算。
2. 分别计算每次工伤的赔偿金额：根据每次工伤的伤残等级和当地规定的赔偿标准，分别计算一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。
3. 汇总赔偿金额：将两次工伤的赔偿金额进行汇总，得出最终的赔偿总额。

四、特殊情况处理

若用人单位未依法缴纳工伤保险费，则上述一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金均由用人单位支付。

五、建议与注意事项

1. 及时申请工伤认定：在发生工伤后，应尽快向单位报告，并申请工伤认定。这是获得赔偿的前提。
2. 了解当地政策：不同地区的工伤保险政策和赔偿标准可能存在差异，因此建议提前了解当地的相关规定。
3. 保留相关证据：在申请赔偿时，需要提供相关的医疗证明、工伤认定证明等证据材料。因此，建议妥善保留这些证据，以便后续使用。

综上所述，当您在单位辞职时存在两次工伤时，应首先进行工伤认定并确定伤残等级，然后根据当地规定的赔偿标准和计算方法来确定赔偿金额。若用人单位未依法缴纳工伤保险费，则需由用人单位承担相应的赔偿责任。