首先，农民工因身体原因被扣工资，应首先尝试与雇主进行沟通协商，了解扣工资的具体原因，并要求雇主提供合理的解释和依据。如果沟通无果，农民工可以依法采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 核查劳动合同与法律法规：

   • 仔细查阅与雇主签订的劳动合同，看是否有关于因病扣工资的相关条款。
   • 了解《劳动法》、《劳动合同法》及当地相关劳动法规，确认雇主扣工资的行为是否合法。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果雇主扣工资的行为违反法律法规，农民工可以向当地劳动监察部门投诉，要求介入调查并处理。
   • 提供相关证据，如劳动合同、工资条、医疗证明等，以支持自己的主张。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 若劳动监察部门无法解决问题，农民工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
   • 如仲裁结果仍不满意，可以依法向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

4. 寻求法律援助：

   • 如果农民工在维权过程中遇到法律难题或经济困难，可以向当地法律援助机构申请法律援助。

在处理此类问题时，农民工应注意保留相关证据，如医疗证明、劳动合同、工资条等，以便在需要时提供证明。同时，也要保持冷静和理性，依法维权，避免采取过激行为。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。