因行政机关原因导致不动产权证作废，你可以通过行政复议或行政诉讼来维权。具体分析如下：
一. 行政复议
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政复议法》第六条，有下列情形之一的，公民、法人或者其他组织可以依照本法申请行政复议：（一）对行政机关作出的警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照、行政拘留等行政处罚决定不服的；……（八）认为符合法定条件，申请行政机关颁发许可证、执照、资质证、资格证等证书，或者申请行政机关审批、登记有关事项，行政机关没有依法办理的；……（十一）认为行政机关的其他具体行政行为侵犯其合法权益的。因行政机关原因导致不动产权证作废，可以视为行政机关的具体行政行为侵犯了你的合法权益，因此你可以申请行政复议。
- 复议程序：你需要向作出该具体行政行为的行政机关的上一级行政机关或者法律、法规规定的复议机关申请复议。复议机关会在受理之日起六十日内作出复议决定，法律规定的期限另有规定的除外。
二. 行政诉讼
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条，人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：……（七）认为行政机关侵犯其经营自主权或者农村土地承包经营权、农村土地经营权的；……（十二）认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的。因行政机关原因导致不动产权证作废，侵犯了你的财产权，因此你可以提起行政诉讼。
- 诉讼程序：你需要向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。人民法院会在立案之日起六个月内审结，有特殊情况需要延长的，由高级人民法院批准，高级人民法院审理第一审案件需要延长的，由最高人民法院批准。
我建议，在维权过程中，你应当保留好所有与不动产权证作废相关的证据，如行政机关的通知、决定书等，以便在复议或诉讼中证明自己的主张。如有进一步需要，您可以继续咨询我。