自行调解协议书不会留案底。下面我将详细解释这一结论：

1. 调解书的性质：

   • 调解书是双方当事人在自愿、合法的基础上，就民事纠纷达成的协议。它经法院确认后具有法律效力，但与法院判决不同，不是对犯罪行为的认定和处罚。

2. 案底的定义：

   • 案底通常是指某人过去犯法或犯罪行为的记录，一般是针对刑事犯罪而言。调解书所涉及的大多是民事纠纷，如合同纠纷、侵权纠纷等，并不涉及刑事犯罪。

3. 调解书与案底的关系：

   • 由于调解书是对民事纠纷的协商解决，且不涉及刑事犯罪，因此签署调解书不会产生案底。

4. 特殊情况说明：

   • 如果在调解过程中存在伪造证据、虚假陈述等妨害司法秩序的行为，可能会面临相应的法律后果。但这并非调解书本身导致的案底，而是由于违法行为所产生的法律后果。

综上所述，自行调解协议书不会留案底。如果你对此有更多疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会为你提供更详细的解答。