经济纠纷中，法院出具的调解协议本身不会留案底。以下是对这一问题的详细解释：

1. 调解协议的性质：

   • 调解协议是双方当事人在法院主持下，通过协商达成的解决纠纷的协议。它具有民事合同的性质，一旦双方签字确认，即具有法律效力，双方应当履行。

2. 案底的概念：

   • 案底通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被法院判决有罪后留下的记录。这种记录会对个人的信用、就业、出国等方面产生一定影响。

3. 调解协议与案底的区别：

   • 调解协议是民事纠纷的解决方式，不涉及犯罪行为，因此不会留下案底。它只是双方当事人之间的约定，用于解决经济纠纷，不会对个人的犯罪记录产生影响。

4. 调解协议的执行与后果：

   • 如果一方不履行调解协议，另一方可以向法院申请强制执行。但这并不涉及犯罪行为，因此也不会导致案底的产生。
   • 在某些情况下，如果调解协议的内容涉及违法或违规行为，如欺诈、逃税等，那么相关行为可能会受到法律的制裁，但这与调解协议本身无关，而是对违法行为的单独处理。

5. 特殊情况说明：

   • 如果经济纠纷本身涉及犯罪行为，如诈骗、合同诈骗等，并且当事人被法院判决有罪，那么这种情况下会留下案底。但这与调解协议无关，而是对犯罪行为的法律后果。

建议：

• 在处理经济纠纷时，尽量通过协商、调解等和平方式解决，以避免不必要的法律纠纷和潜在的法律风险。
• 如果双方无法达成一致，可以考虑通过法律途径解决，但在此过程中应遵守法律法规，避免涉及犯罪行为。

如有任何关于经济纠纷或调解协议的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。