在公司有仲裁的情况下，仍然可以进行股东变更。但这一变更需严格遵循《公司法》及相关法律法规的规定，并确保不影响劳动者或其他相关方的权益。

详细分析如下：

1. 法律允许性：

   • 根据《公司法》，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或部分股权，且股东向股东以外的人转让股权时，应经其他股东过半数同意。这表明，股东变更在公司法框架内是被允许的，只要履行了法定的程序，如签署股权转让协议、经过必要比例的股东同意、完成工商登记变更等。

2. 仲裁与股东变更的独立性：

   • 公司面临的仲裁，无论是劳动仲裁还是其他类型的仲裁，主要是解决公司与其他方之间的争议，如劳动纠纷、合同纠纷等。这些仲裁程序与公司内部治理的事项，如股东变更，是两个相对独立的过程。
   • 仲裁的主体通常是公司和其他方（如劳动者、合同相对方等），而非股东个人。因此，仲裁本身并不直接涉及或限制公司股东的变更。

3. 可能带来的间接影响：

   • 尽管股东变更本身不影响仲裁程序，但公司控制权的变化、资产重组或转移等可能带来的间接影响需要关注。例如，新股东接手后可能对公司处理仲裁的态度和策略有所不同，这可能影响仲裁的解决速度和方式。
   • 如果公司在仲裁期间通过股东变更等方式恶意转移资产，可能会影响相关方权益的最终实现。在此种情况下，相关方有权通过法律途径维护自身合法权益。

4. 建议与注意事项：

   • 在进行股东更换时，公司应充分考虑各种可能的影响，并确保遵守相关法律法规的规定。特别是要关注劳动者的权益保护，避免因为股东变更而损害劳动者的合法权益。
   • 公司应积极与相关方沟通，寻求妥善解决争议的方式，以维护公司的稳定和发展。
   • 如果股东变更涉及到公司的资产重组、股权结构变化等重大事项，可能会对公司的运营和财务状况产生影响，从而间接影响到公司与其他方之间的争议解决。因此，在进行股东变更前，应进行充分的评估和准备。

综上所述，公司在有仲裁的情况下仍然可以进行股东变更，但应谨慎考虑并遵守相关法律法规的规定，确保不影响相关方的权益实现。如果您在股东变更过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。