当商店被盗时，关于安防公司如何赔偿的问题，这主要取决于安防公司与商店之间签订的合同条款以及实际损失情况。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
首先，要明确的是，商店被盗属于刑事犯罪案件，犯罪分子应依法承担法律责任，包括退赔盗窃所得的财物和赔偿因此给商店造成的损失。这是基于《中华人民共和国刑法》的相关规定，即犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。
接下来，我们来看安防公司的责任。安防公司通常与商店签订安防服务合同，承诺提供一定级别的安全保障服务。如果商店被盗，安防公司是否承担赔偿责任，以及赔偿的具体金额和方式，将主要取决于以下几点：
合同条款：安防服务合同中应明确安防公司的服务内容、责任范围以及赔偿条款。如果合同中明确规定了安防公司在某些情况下需承担赔偿责任，那么商店可以依据合同条款要求安防公司进行赔偿。
实际损失：商店需要提供充分的证据来证明其因被盗而遭受的实际损失。这包括但不限于被盗财物的价值、修复被破坏设施的费用、因盗窃导致的营业损失等。安防公司通常会根据这些实际损失来确定赔偿金额。
安防公司的过错程度：如果安防公司在提供服务过程中存在过错，如未按照合同约定履行安防职责、安防设备出现故障未及时修复等，导致商店被盗，那么安防公司应承担相应的赔偿责任。赔偿比例和金额将根据其过错程度来确定。
在寻求赔偿时，商店可以采取以下步骤：
及时报案：首先向公安机关报案，配合警方进行调查取证工作。这是后续寻求赔偿的重要前提。
查看合同条款：仔细查阅与安防公司签订的安防服务合同，了解双方的权利和义务以及赔偿条款。
收集证据：收集被盗财物的购买凭证、价值证明、修复费用发票等证据材料，以便后续与安防公司协商赔偿事宜。
协商赔偿：在收集到充分证据后，与安防公司进行协商，要求其按照合同条款和实际损失进行赔偿。如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
综上所述，商店被盗时安防公司的赔偿责任取决于合同条款、实际损失以及安防公司的过错程度。商店应及时采取措施保护自己的合法权益，并寻求专业的法律帮助来解决问题。