关于您提出的“主申请人在申请庇护案件中，副申请因非法入境被捕了，案件还能继续吗”的问题，以下是我的详细解答：
首先，结论是可以继续。庇护案件的申请并不完全依赖于副申请人的状态，主申请人仍然有权继续其庇护申请流程。但需要注意的是，副申请人因非法入境被捕可能会对整个案件产生一定的影响，具体影响取决于多个因素。
法律程序独立性：
- 庇护申请是主申请人基于个人情况提出的，其法律程序相对独立。副申请人的状况虽然可能引发一些关联问题，但并不直接导致主申请人的庇护申请被终止。
案件影响评估：
- 副申请人因非法入境被捕后，相关部门可能会对此进行评估，以确定是否会影响主申请人的庇护资格。这种评估通常涉及副申请人与主申请人之间的关系、副申请人非法入境的具体原因和情节等因素。
- 如果副申请人的问题被认定为与主申请人的庇护申请无直接关联，或者主申请人能够证明其庇护申请是基于独立的、合理的理由，那么案件通常可以继续进行。
法律建议和策略：
- 在这种情况下，建议主申请人及时咨询专业律师，以便更详细地了解案件的具体情况和可能面临的法律挑战。
- 律师可以帮助主申请人制定合适的策略，以应对副申请人被捕可能带来的不利影响，并努力推动庇护申请的顺利进行。
综上所述，虽然副申请人因非法入境被捕可能会给庇护案件带来一定的复杂性和不确定性，但主申请人仍然有权继续其庇护申请。在此过程中，寻求专业律师的法律建议和帮助是至关重要的。如果您有任何进一步的问题或需要具体的法律指导，请随时向我咨询。