作为犯罪工具车辆被法院判决没收后，在执行中其抵押权通常仍然有效。以下是对这一结论的详细解释：

1. 抵押权的独立性：

   • 抵押权是一种独立的财产权利，它依附于抵押物（在此为车辆）而存在，但并不因抵押物的所有权变动而必然失效。
   • 即便车辆作为犯罪工具被法院判决没收，只要抵押权的设立符合法律规定，且未在法律规定的情形下被宣告无效或撤销，那么抵押权就依然有效。

2. 法律执行的考量：

   • 在执行没收车辆的过程中，法院或相关执行机构会考虑抵押权的存在。
   • 如果抵押权已经依法登记，那么执行机构在处置车辆时，通常需要与抵押权人进行协商，或者按照法律规定的程序处理抵押权。

3. 抵押权人的权益保护：

   • 抵押权人有权在车辆被处置前，依据抵押合同和法律规定主张其权益。
   • 如果执行机构未经抵押权人同意擅自处置车辆，抵押权人有权要求赔偿因此造成的损失。

4. 特殊情况的处理：

   • 当然，也存在一些特殊情况，如抵押权本身存在瑕疵（如未依法登记、违反法律规定等），或者车辆作为犯罪工具的性质导致抵押权在法律上被宣告无效或撤销。
   • 在这些特殊情况下，抵押权将不再有效。但这需要根据具体案件情况和法律规定来判断。

综上所述，作为犯罪工具车辆被法院判决没收后，在执行中其抵押权通常仍然有效。但具体情况还需根据案件的具体事实和法律规定来综合判断。如果你在这方面有进一步的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。