工商部门不可以将两次股东决议合并登记。下面我来详细解释一下：

首先，股东决议是公司治理中的重要文件，它记录了股东对于公司重大事项的决策结果。每一次股东决议都是独立的，代表了股东在特定时间、特定议题上的意志表达。

其次，工商部门的登记行为是对公司法律文件的确认和记录，具有法律效力和公示作用。如果工商部门将两次股东决议合并登记，那么就会混淆股东在不同时间、不同议题上的决策结果，导致法律关系的混乱。

此外，从法律程序的角度来看，每一次股东决议的通过和生效都需要遵循严格的法律程序，包括召集股东会、提案、讨论、表决等环节。这些程序都是为了确保股东决议的合法性和有效性。如果工商部门将两次股东决议合并登记，那么就会破坏这些法律程序，损害股东的合法权益。

综上所述，工商部门不可以将两次股东决议合并登记。每一次股东决议都应该被独立地登记和公示，以确保公司法律关系的清晰和股东合法权益的保护。如果你在这方面还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。