在处理土地纠纷中的新协议与旧协议问题时，需要遵循一系列清晰且有序的步骤来确保纠纷得到妥善解决。以下是一些具体的建议：
一、明确协议内容及其差异
首先，要详细审查新协议和旧协议的具体内容，特别是关于土地使用权、权属界限、使用期限、费用分担等关键条款。明确两份协议之间的差异点，以及这些差异如何影响了各方的权益。
二、尝试协商解决
直接沟通：在发现协议纠纷后，各方应保持冷静，通过直接沟通的方式尝试解决分歧。可以组织一次面对面的会议，或者通过书信、电子邮件等书面形式表达各自的观点和诉求。
寻求共同点：在沟通过程中，努力寻找各方都能接受的共同点，作为解决纠纷的基础。
提出解决方案：基于共同点，尝试提出一个或多个具体的解决方案，并征求各方的意见。
三、申请调解
如果协商未能达成一致，可以向当地土地管理部门或相关政府机构申请调解。调解过程中，调解机构会依据相关法律法规和政策，对纠纷进行公正、客观的调解处理。
提交调解申请：向调解机构提交详细的调解申请，包括纠纷的具体情况、各方的诉求以及已尝试的协商过程。
参与调解过程：在调解过程中，积极配合调解员的调解工作，如实陈述事实，提供必要的证据材料。
接受调解结果：如果调解成功，各方应签署调解协议，并严格按照协议内容履行各自的义务。
四、提起诉讼
如果调解仍然无法解决问题，各方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要遵循以下步骤：
准备诉讼材料：收集并整理相关证据材料，包括土地权属证明、协议文本、调解记录等。
提交起诉状：向法院提交起诉状，明确诉讼请求和事实理由。
参与庭审过程：在庭审过程中，积极陈述自己的观点和诉求，提供充分的证据支持自己的主张。
接受法院判决：如果法院判决支持自己的诉求，应依法履行判决内容；如果不服判决，可以在规定时间内提起上诉。
五、注意事项
遵守法律法规：在处理土地纠纷过程中，应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保处理结果的合法性和公正性。
保持冷静理性：避免采取过激行为或发表不当言论，以免加剧纠纷或影响处理结果。
寻求专业帮助：如果纠纷复杂或涉及较大的利益冲突，可以考虑寻求律师或法律专家的帮助，以获得更专业的法律建议和支持。
综上所述，处理土地纠纷中的新协议与旧协议问题需要各方保持冷静、理性沟通，并遵循相关法律法规和政策规定。通过协商、调解和诉讼等合法途径，可以妥善解决纠纷并维护各方的合法权益。