在处理农民土地合同纠纷时，我们需要综合考虑法律、政策以及农村实际情况，采取合适的方式来解决。以下是一个详细且深入的处理流程建议：

一、优先尝试协商解决

适用情况：当纠纷发生时，如果双方关系较为融洽，争议较小，首先可以尝试通过友好协商的方式解决。

实施要点：

• 双方应冷静、理性地就争议问题进行沟通和交流，明确各自的立场和诉求。
• 尝试寻找双方都能接受的解决方案，比如调整土地承包期限、租金等条款。
• 协商过程中，可以邀请熟悉当地情况和风俗习惯的第三方作为见证人，以增加协商的公正性和可信度。

二、请求第三方调解

适用情况：如果协商不成，或者双方希望有一个更公正、专业的调解过程，可以请求第三方进行调解。

调解方式：

1. 人民调解：

   • 由人民调解委员会介入调解，该委员会通常由当地村民组成，熟悉当地情况，具有公信力。
   • 当事人向调解委员会提出申请后，调解员会了解纠纷情况，分别与双方沟通，并提出调解建议。
   • 调解程序简便、灵活，成本较低，且调解协议具有一定法律效力。

2. 行政调解：

   • 由相关行政部门进行调解，如乡镇政府的国土资源管理部门或工商行政管理部门。
   • 当事人向相关部门提出申请，行政部门利用其权威性和专业性进行调查和调解，提出调解方案。
   • 行政调解能够有效利用行政资源和专业知识，提高纠纷解决效率。

三、考虑仲裁解决

适用前提：如果合同双方在签订合同时约定了仲裁条款，或者在纠纷发生后达成了仲裁协议，那么可以选择仲裁方式解决纠纷。

实施要点：

• 当事人向约定的仲裁机构提交申请，仲裁庭会按照法定程序审理并作出裁决。
• 仲裁具有专业性、保密性、快捷性等特点，能够保证裁决的公正性和专业性，同时保护当事人的商业秘密和个人隐私。

四、作为最后手段的诉讼解决

适用情况：当协商、调解和仲裁均无法解决纠纷时，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。

实施要点：

• 当事人需要准备起诉状、相关证据材料及身份证明，向法院提交。
• 法院会进行审查、立案、审理，并最终作出判决。
• 诉讼具有强制力，判决具有终局性和权威性，但程序相对复杂，时间较长，成本较高。

五、注意事项

1. 证据收集：在整个处理过程中，保留好相关证据至关重要。如合同文本、收据、往来函件、沟通记录等，这些都可以作为证明自己主张和维护合法权益的依据。

2. 时效要求：注意诉讼时效期间，避免因超期而丧失胜诉权。一般来说，民事诉讼的时效期间为三年，但具体还需根据法律规定和案件情况来确定。

3. 专业咨询：如果涉及法律专业知识或复杂情况，建议咨询专业律师或法律机构以获取更准确的法律意见和帮助。他们可以提供专业的法律分析和建议，帮助当事人更好地维护自己的权益。

综上所述，处理农民土地合同纠纷需要综合考虑多种因素，选择合适的解决方式。在处理过程中，保持冷静、理性，注重证据收集和专业咨询，将有助于纠纷得到公正、高效的解决。