要判断罪行是否已被监察机关掌握，可以从以下几个方面进行理解和分析：

首先，需要明确监察机关掌握罪行的标准。根据相关规定，司法机关“已掌握罪行”通常有三个判断标准：是否在通缉令发布范围内、是否已录入全国公安信息网络在逃人员信息数据库、以及司法机关是否已实际掌握该罪行。在监察机关的语境下，这些标准同样具有参考价值，尤其是“司法机关是否已实际掌握该罪行”这一核心标准。

其次，要了解监察机关获取线索的渠道和管理制度。监察机关通常通过信访举报、巡视（巡察）反馈、日常监督中发现、查办案件中自行发现以及其他方面移交等渠道获取线索，并建立了完善的问题线索处置流程和管理制度。这些线索能够明确指向特定的（违法）犯罪行为，并帮助监察机关研判行为人可能涉嫌的（违法）犯罪性质和类型。

基于上述信息，如果被调查人交代的罪行与监察机关掌握的线索所指向的问题一致，那么可以认为该罪行已被监察机关掌握。这是因为监察机关已经对这些线索进行了收集、整理和分析，形成了对特定罪行的认知和判断。

此外，还需要注意特殊自首的认定问题。特殊自首是指在不具备“自动投案”这一法定要件的情况下，被调查人如实供述监察机关还未掌握的违法犯罪行为，并可能因此获得从宽处理的法律效果。然而，要认定为特殊自首，被调查人如实供述的罪行必须与监察机关已掌握的罪行在法律或事实上存在密切关联。这种密切关联可以是法律上的交叉、相近关系，或者是事实上的时间、地点、动机、行为、对象、结果等方面的密切联系。

综上所述，判断罪行是否已被监察机关掌握，需要综合考虑监察机关掌握罪行的标准、线索来源和管理制度以及特殊自首的认定条件等多个方面。如果被调查人交代的罪行与监察机关掌握的线索所指向的问题一致，或者与已掌握的罪行在法律或事实上存在密切关联，那么可以认为该罪行已被监察机关掌握或部分掌握。