在判断司法机构是否掌握主要犯罪事实时，这是一个涉及多个维度和细致考量的过程。以下是对此问题的详细解答：

一、主要犯罪事实的定义

主要犯罪事实是指对案件及时侦破与审判起到关键作用的事实，能够据以确定犯罪性质、情节，并查明所犯罪行的性质以及影响其量刑。这些事实通常包括犯罪的时间、地点、手段、结果以及犯罪嫌疑人的身份等关键信息。

二、判断原则

1. 以证据为基础：

   • 司法机构在判断是否掌握主要犯罪事实时，必须严格依据收集到的证据。这些证据应当具备合法性、客观性和关联性，确保证据的真实性、合法性和与案件的关联性。

2. 综合考量多方面因素：

   • 除了直接证据外，司法机构还会综合考虑犯罪行为的细节、引发的效果、时空规定性、罪犯的身份特征、犯罪的动机与目的以及犯罪工具及手法等多个方面，以形成对主要犯罪事实的全面认识。

三、证据的收集与审查

1. 证据的种类：

   • 包括物证、书证、证人证言、被害人陈述、犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解、鉴定意见、勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录以及视听资料、电子数据等。

2. 证据的确实充分性：

   • 每个犯罪事实、情节都应有相应的证据支持，并且这些证据需要经过严格的查证属实。同时，取证程序必须合法，以确保证据的合法性。

四、犯罪构成要件的考量

在判断主要犯罪事实时，司法机构还会考量犯罪构成要件，包括：

1. 主体要件：确认犯罪行为的实施主体是否具备刑事责任能力和相应的主体身份。
2. 主观要件：分析犯罪嫌疑人或被告人的心理态度，如故意或过失。
3. 客体要件：明确犯罪行为所侵犯的刑法所保护的社会关系。
4. 客观要件：考察犯罪行为的客观表现，包括方式、手段、时间、地点、危害结果等。

五、特殊情况的认定

对于犯罪嫌疑人多次实施同种罪行的，司法机构会依据已交代的犯罪事实与未交代的犯罪事实的危害程度来判断是否掌握主要犯罪事实。如果如实交代的犯罪情节重于或数量多于未交代的，一般可认定为掌握了主要犯罪事实。

六、实践中的具体应用

以自首认定为例，公安机关是否“已掌握”犯罪事实是判断自首的关键。在实践中，这通常要求有较为充分的证据来认定犯罪嫌疑人实施了具体的危害行为。仅仅发现犯罪线索或掌握一些零散的、无法直接证明犯罪事实的证据，并不足以认定为“已掌握”犯罪事实。

综上所述，判断司法机构是否掌握主要犯罪事实是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多个方面的因素和证据。通过严格的证据收集和审查，以及全面的犯罪构成要件考量，司法机构能够准确判断并掌握主要犯罪事实，为案件的公正处理奠定坚实基础。