事业单位人员迟到早退能否降低工资档次或扣发工资，需根据具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动合同或单位规章制度有明确规定：

   • 如果事业单位的劳动合同或内部规章制度中明确规定了迟到早退的处理方式，包括降低工资档次或扣发工资，并且这些规定不违反国家法律法规，那么单位有权按照约定执行。
   • 在这种情况下，如果员工迟到早退，单位可以依据劳动合同或规章制度的规定，对员工进行相应的处理，包括降低工资档次或扣发工资。

2. 劳动合同或单位规章制度无明确规定：

   • 如果事业单位的劳动合同或内部规章制度中没有明确规定迟到早退的处理方式，或者规定不明确、存在歧义，那么单位不能随意降低员工的工资档次或扣发工资。
   • 在这种情况下，单位需要与员工进行协商，明确迟到早退的处理方式，并尽可能达成一致意见。如果无法达成一致，单位需要谨慎处理，避免侵犯员工的合法权益。

3. 法律限制与保护：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，员工的工资是受到法律保护的，单位不能随意降低或扣发。
   • 如果单位要降低员工的工资档次或扣发工资，必须确保有合法的依据，如劳动合同、规章制度或法律法规的规定。

4. 建议与提醒：

   • 对于事业单位而言，建议完善劳动合同和内部规章制度，明确迟到早退的处理方式，以避免潜在的纠纷。
   • 对于员工而言，如果遭遇单位无故降低工资档次或扣发工资的情况，可以及时向单位提出异议，并寻求法律援助或劳动仲裁机构的帮助。

综上所述，事业单位人员迟到早退能否降低工资档次或扣发工资，取决于劳动合同或单位规章制度中是否有明确规定，以及这些规定是否合法。在处理此类问题时，单位应遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵犯。