合同中规定乙方项目经理如果离职需赔偿，这样的条款在一定条件下是合法的。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 合同自由原则：

   • 根据合同法的基本原则，合同是双方自愿达成的约定，只要内容不违反法律法规的强制性规定，不损害社会公共利益，就是有效的。因此，如果合同中明确规定了项目经理离职需赔偿的条款，并且这一条款是在双方平等、自愿的基础上达成的，那么它就是合法的。

2. 赔偿条款的合理性：

   • 赔偿条款的合理性是关键。如果赔偿金额过高，或者赔偿条件过于苛刻，可能构成对劳动者的不公平限制，这样的条款可能会被认定为无效。因此，赔偿条款应当合理设定，既要保护用人单位的合法权益，也要避免对劳动者造成不合理的负担。

3. 劳动法的特殊规定：

   • 在劳动关系中，劳动者享有一定的特殊保护。例如，如果用人单位存在违法行为导致劳动者离职，劳动者不仅无需赔偿，还有权要求用人单位支付经济补偿。因此，在判断赔偿条款的合法性时，还需要考虑劳动法的特殊规定。

4. 具体情况分析：

   • 如果合同中的赔偿条款是针对项目经理因违反保密协议、竞业禁止等特定义务而设定的，且这些义务是合理且必要的，那么这样的赔偿条款通常是合法的。
   • 如果赔偿条款是无条件地要求项目经理离职时支付赔偿，而没有明确违反何种义务或造成何种损失，那么这样的条款可能会因缺乏合理性而被认定为无效。

综上所述，合同中规定乙方项目经理如果离职需赔偿的条款，在符合合同自由原则、赔偿条款合理、不违反劳动法特殊规定的前提下，是合法的。然而，在具体情况下，还需要根据条款的具体内容和劳动关系的实际情况来判断其合法性。如果你有相关疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。