针对您提出的“虚开案件因网逃两年后被抓怎么处理”的问题，以下是一个基于一般法律流程和您提供的参考信息给出的详细解答：
首先，当嫌疑人因虚开案件（如虚开增值税发票）被确定为网逃，并在两年后被抓获时，其处理流程通常包括以下几个关键步骤：
抓捕与拘留：
- 嫌疑人被抓获后，警方会立即将其拘留，并依据相关法律规定，对其进行初步的身份核实和案情调查。
- 在此过程中，警方会收集嫌疑人的个人信息、犯罪证据等，为后续的法律程序做准备。
案件移送与审查：
- 抓捕完成后，警方会将嫌疑人及案件相关材料移送至检察机关进行审查。
- 检察机关会对案件事实、证据等进行全面审查，以决定是否对嫌疑人提起公诉。
提起公诉与审判：
- 如果检察机关认为案件事实清楚、证据确实充分，会依法对嫌疑人提起公诉。
- 案件随后会进入法院审判阶段，由法院根据案件事实和法律规定，对嫌疑人进行公正、公开的审判。
判决与执行：
- 法院根据审判结果，对嫌疑人作出有罪或无罪的判决。
- 如果判决有罪，法院会依据法律规定，对嫌疑人判处相应的刑罚，如有期徒刑、罚金等。
- 判决生效后，嫌疑人会被移送至相应的执行机构，如监狱，以执行刑罚。
后续管理与教育：
- 在刑罚执行期间，执行机关会对嫌疑人进行管理和教育，帮助其认识到自己的错误，并努力改正。
- 刑罚执行完毕后，嫌疑人需要遵守相关法律法规，不得再次犯罪。
此外，根据您提供的参考信息，可以看出虚开增值税发票是一种严重的经济犯罪行为，不仅会对国家税收造成损失，还会破坏市场经济秩序。因此，对于此类犯罪行为，法律会给予严厉的打击和惩罚。
综上所述，虚开案件因网逃两年后被抓的处理流程包括抓捕与拘留、案件移送与审查、提起公诉与审判、判决与执行以及后续管理与教育等多个环节。每个环节都遵循严格的法律程序，确保案件的公正、公平和合法。