在协议书写中，关于甲方乙方是否顶格写的问题，其实并没有一个严格的法律规定或统一的标准格式。一般来说，这更多取决于具体的书写习惯或格式要求。
通常情况：在多数正式的协议或合同中，为了保持文本的整洁和易读性，甲方、乙方等合同主体的名称通常会放在首行或特定的段落开始处，并且可能会采用加粗、加下划线或其他方式加以突出，但并不一定要求顶格写。重要的是要确保合同主体的名称清晰、准确地出现在合同中，并且与合同的其他内容保持一致的格式和风格。
特定格式要求：在某些特定行业或领域，或者根据某些特定的格式要求（如某些国际标准合同格式），可能会有对合同主体名称位置的具体规定。在这种情况下，就需要按照相应的格式要求来书写。
建议：为了避免因格式问题而引发的不必要的纠纷或误解，建议在撰写协议或合同时，可以参照一些标准的合同范本或咨询专业的法律顾问，以确保合同的格式和内容都符合法律要求和行业惯例。
综上所述，甲方乙方在协议中是否顶格写，并没有一个固定的答案。重要的是要确保合同的内容清晰、准确、合法，并且符合双方的约定和期望。如果你有更具体的合同格式或内容方面的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的建议。