租车合同上写的商业险，但保单却是互助协议，这种情况可能会影响合同的有效性及保险赔付。具体分析如下：
合同内容与保单不符的影响：
- 租车合同中明确约定了商业险，但实际提供的保单是互助协议，这构成了合同内容与实际履行不符的情况。根据合同法的原则，合同双方应当诚实守信，按照合同约定履行各自的义务。
- 如果保单内容与合同约定的保险类型不符，那么在发生保险事故时，保险公司可能会以合同与保单不符为由拒绝赔付，从而给租车者带来经济损失。
互助协议的法律性质：
- 互助协议通常是一种基于互助原则的保险形式，其法律性质、赔付范围和赔付条件可能与商业险存在显著差异。
- 互助协议可能不具备商业险那样的严格监管和法定赔付标准，因此在赔付的可靠性、及时性和足额性方面可能存在风险。
建议与措施：
- 租车者在签订租车合同时，应仔细核对合同中的保险条款与实际提供的保单是否一致，确保自己的权益得到保障。
- 如果发现合同与保单不符，应立即与租车公司沟通，要求提供符合合同约定的保险保单，或者协商修改合同中的保险条款。
- 如果租车公司无法提供符合约定的保险或拒绝修改合同，租车者可以考虑解除租车合同，并选择其他信誉良好、保险保障完善的租车公司。
综上所述，租车合同上写的商业险但保单却是互助协议的情况，可能会对租车者的权益造成不利影响。因此，租车者在签订合同时应谨慎核对保险条款，并在发现问题时及时采取措施维护自己的合法权益。