针对你提到的“公司是项目代发且签订了保密协议”的情况，这里有一些分析和建议供你参考：
首先，项目代发本身并不与保密协议存在直接冲突。项目代发指的是公司作为中介或代理，帮助其他企业或个人发放项目款项。而保密协议则是为了保护某些敏感信息不被泄露而签订的法律文件。两者在性质上并不矛盾，关键在于如何处理这两者的关系。
明确保密协议的内容：
- 仔细阅读保密协议，明确哪些信息是需要保密的，保密的期限是多长，以及违反保密义务可能承担的法律责任。
- 如果保密协议中明确规定了与项目代发相关的保密事项，那么在代发过程中必须严格遵守这些规定。
遵守保密义务：
- 在项目代发过程中，确保不泄露任何保密协议中规定的敏感信息。
- 如果需要向第三方透露与项目代发相关的信息，应事先征得原保密协议签订方的同意，并确保第三方也承担相应的保密义务。
处理可能的冲突：
- 如果在项目代发过程中遇到了与保密协议相冲突的情况，应及时与原保密协议签订方进行沟通，寻求解决方案。
- 在无法达成一致的情况下，可以考虑咨询专业律师（在这里就是我啦），以获取更具体的法律建议。
保护自身权益：
- 作为代发方，也应确保自己的权益不受损害。可以在代发协议中明确自己的权利和义务，包括保密义务的范围和限制。
- 如果因遵守保密协议而遭受了损失，可以依据代发协议或相关法律法规寻求救济。
综上所述，项目代发与保密协议并不冲突，关键在于如何正确理解和处理这两者的关系。在代发过程中，应严格遵守保密协议的规定，确保不泄露任何敏感信息，并在遇到可能冲突的情况时及时沟通寻求解决方案。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。