公司更名后，新章程应当按新名称填写。下面我来详细解释一下：

首先，从法律的角度来看，公司名称是公司法人的重要组成部分，是公司区别于其他法人的标志。当公司决定更名时，意味着公司的法人身份在某种形式上发生了变更。因此，所有与公司名称相关的法律文件，包括公司章程，都需要进行相应的更新。

其次，公司章程是公司内部的根本大法，它规定了公司的组织架构、经营范围、股东权利与义务等核心内容。如果公司章程中的公司名称没有随着公司更名而更新，那么这份章程在法律上就可能存在瑕疵，甚至可能引发一系列的法律问题。

最后，从实际操作的角度来看，公司在更名后，需要向工商登记部门提交新的公司章程进行备案。这份新的公司章程中，公司名称必然已经更新为新的名称。因此，从这一层面来说，新章程也应当按照新名称来填写。

综上所述，公司更名后，新章程应当按新名称填写。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。