用人单位书面认可工龄合并后，在仲裁中一般不得否认。这一结论主要基于以下法律原理和实际操作考虑：

1. 书面认可的法律效力：

   • 用人单位一旦书面认可员工的工龄合并，该认可即具有法律效力。这意味着，用人单位在后续的法律程序中（如劳动仲裁），应当受到该书面认可的约束，不得随意否认。
   • 书面认可通常被视为用人单位对员工工龄问题的明确表态，是双方意思表示一致的结果，因此具有相应的法律约束力。

2. 仲裁中的诚信原则：

   • 在劳动仲裁过程中，诚信原则是一项基本原则。用人单位作为仲裁的一方当事人，应当遵循诚信原则，不得故意隐瞒事实或提供虚假信息。
   • 如果用人单位在书面认可工龄合并后，又在仲裁中否认，这将违反诚信原则，可能导致其主张不被仲裁机构采纳。

3. 证据规则的支持：

   • 在劳动仲裁中，证据是判断事实的重要依据。用人单位的书面认可通常被视为一项有力的证据，用于证明员工的工龄问题。
   • 如果用人单位在仲裁中否认书面认可的内容，但没有提供充分的反证来推翻该认可，那么仲裁机构很可能会依据书面认可来认定工龄合并的事实。

综上所述，用人单位在书面认可工龄合并后，一般不得在仲裁中否认。这既是对书面认可法律效力的尊重，也是诚信原则和证据规则在劳动仲裁中的具体体现。如果用人单位确实存在否认的情况，员工可以积极向仲裁机构提供证据来维护自己的合法权益。