车主和驾驶员的合作协议在双方之间通常是有效的，但具体效力还需根据协议内容、双方真实意愿以及是否违反法律法规等因素来判断。以下是详细分析：

1. 协议的有效性：

   • 根据《民法典》的规定，只要车主与驾驶员之间的合作协议是双方真实意愿的表示，内容合法且不违背公序良俗，那么该协议在双方之间就具有法律约束力。这意味着，如果协议中明确规定了双方的权利和义务，且这些规定不违反法律法规，那么双方都应按照协议来履行。

2. 对抗善意第三人的问题：

   • 需要注意的是，车主与驾驶员之间的合作协议通常只能在双方之间产生效力，而不能对抗善意第三人。例如，在交通事故中，如果驾驶员因驾驶行为导致第三人受损，那么第三人可以要求车主和驾驶员承担连带责任。此时，车主和驾驶员之间的合作协议不能作为对抗第三人的依据。

3. 协议内容的合法性：

   • 在签订合作协议时，双方应确保协议内容合法，不得违反法律法规的强制性规定。如果协议内容存在违法之处，那么该协议可能被视为无效或部分无效。

4. 协议的执行与争议解决：

   • 在协议执行过程中，如果双方发生争议，应首先尝试通过友好协商解决。如果协商不成，双方可以依据协议中的争议解决条款，通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，车主和驾驶员之间的合作协议在双方之间通常是有效的，但具体效力还需根据协议内容、双方真实意愿以及是否违反法律法规等因素来判断。如果协议内容合法且双方均真实意愿表示，那么该协议就具有法律约束力。同时，双方也应注意协议不能对抗善意第三人，并在发生争议时依法解决。