当企业被认定为虚开发票并已入账时，这是一个严重的财务和税务问题，需要立即采取一系列措施来纠正错误、防范法律风险，并确保税务合规。以下是对此问题的详细解答：
一、初步确认与应对
详细核查：
- 仔细核查发票的详细信息，包括发票号码、开票日期、金额、销售方及购买方信息等，确保全面了解虚开发票的情况。
- 核对公司内部的交易记录、合同、付款凭证等，确认发票与真实交易是否一致。
立即停止相关操作：
- 若发票尚未支付，应立即停止支付流程。
- 若已支付，需考虑与收款方协商退款或采取其他补救措施。
与税务机关沟通：
- 及时向当地税务机关报告虚开发票的情况，了解具体的处理要求和流程。
二、账务调整与税务处理
业务未真实发生：
- 冲减相关成本或费用：根据虚开发票涉及的金额，冲减相应的成本或费用科目，确保账务的真实性和准确性。
- 调整所得税：冲减成本费用后，需按税法规定重新计算应纳税所得额，并补缴企业所得税。
业务真实发生但发票虚开：
- 要求补开、换开发票：与开票方协商，要求其补开或换开符合规定的发票，并确保新发票的真实性和合规性。
- 红字冲销原入账凭证：在取得合规发票前，对原入账凭证进行红字冲销，以纠正错误的账务处理。
- 重新账务处理：取得合规发票后，重新进行正确的账务处理，确保账务的准确性和合规性。
税务申报更正：
- 如已基于虚开发票进行税务申报，需向税务部门提交更正申报，并补缴相应的税款和滞纳金。
三、税务风险应对与内部控制
主动补缴税款和滞纳金：
- 发现虚开发票后，应主动向税务机关报告，并补缴相应的税款和滞纳金，以降低税务风险。
配合税务机关调查：
- 积极配合税务机关的调查工作，提供必要的业务资料和证据，以证明业务的真实性（若业务真实发生）。
加强内部控制：
- 对采购、财务等部门进行内部审计，查明收到虚开发票的原因，并采取措施加以改进。
- 加强员工对发票真伪的识别培训，提高防范意识。
- 完善公司内部的发票管理制度和审批流程，确保发票的合规性和真实性。
法律咨询：
- 在处理虚开发票问题的过程中，如遇复杂法律问题或不确定如何处理，应及时咨询专业的法律顾问或律师，以获取专业的法律建议和指导。
四、后续行动与总结
- 根据税务机关的要求和公司的实际情况，制定详细的整改计划和时间表，并确保整改措施的有效实施。
- 对整个事件进行总结和反思，分析问题的根源和教训，为今后的工作提供借鉴和参考。
- 加强与税务机关的沟通和联系，及时了解最新的税收政策和法规，确保公司的税务合规性。
综上所述，当企业被认定为虚开发票并已入账时，需要立即采取行动进行纠正和防范。通过详细核查、账务调整、税务处理、加强内部控制以及法律咨询等措施，可以有效降低法律风险和经济损失，并确保企业的合法合规运营。