认定虚开发票的处理是一个严肃且复杂的法律过程，它涉及到税务、法律等多个层面。以下是根据相关法律法规及实际案例，为您详细阐述认定虚开发票后的处理流程及后果：
一、虚开发票的认定
虚开发票通常指的是在没有真实业务交易的情况下，为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或者让他人为自己开具、介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。这种行为严重违反了税收法律法规，破坏了税收秩序。
二、税务部门的处理流程
发现疑点：税务部门会依托税收大数据分析等手段，对企业的涉税数据进行监控和分析，发现可能存在的虚开发票疑点。
立案检查：一旦发现疑点，税务部门会依法对涉嫌虚开发票的企业进行立案检查，包括调取企业的账簿、凭证、银行流水等资料，进行实地核查等。
证据收集：在检查过程中，税务部门会收集相关证据，如发票、合同、资金流向等，以证明企业是否存在虚开发票的行为。
认定处理：如果证据确凿，税务部门会依法认定企业存在虚开发票的行为，并根据相关法律法规作出处理决定。这通常包括追缴税费款、加收滞纳金、并处罚款等。
三、具体处理措施
以黑龙江霍李会计代理有限公司为例，该公司在没有真实业务的情况下，对外虚开增值税普通发票34份，价税合计222.36万元，并通过违规列支费用虚列成本、进行虚假纳税申报等方式，少缴企业所得税、印花税等税费款共计5.63万元。税务部门依法对其作出了以下处理：
追缴税费款：要求企业补缴少缴的税费款。
加收滞纳金：对少缴的税费款加收滞纳金，以惩罚企业的违法行为。
并处罚款：根据违法情节的严重程度，对企业处以一定数额的罚款。在该案例中，税务部门对霍李公司作出了追缴税费款、加收滞纳金并处罚款共计20.58万元的处理处罚决定。
四、法律后果
行政处罚：如上述案例所示，企业会面临税务部门的行政处罚，包括追缴税费款、加收滞纳金和罚款等。
刑事责任：如果虚开发票的行为情节严重、构成犯罪的，企业及其相关责任人员还可能面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开发票罪可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
五、建议与提醒
合规经营：企业应严格遵守税收法律法规，确保所有业务交易都有真实、合法的凭证支持，避免虚开发票等违法行为的发生。
加强内部管理：企业应建立健全内部财务管理制度，加强对发票等涉税凭证的管理和审核，确保发票的真实性和合法性。
及时咨询专业意见：如果企业对税收法律法规或发票管理等方面存在疑问或不确定的地方，应及时咨询专业税务机构或律师的意见，以避免因无知或疏忽而引发的法律风险。
总之，认定虚开发票后，企业将面临严重的法律后果和行政处罚。因此，企业应严格遵守税收法律法规，确保合规经营，以维护自身的合法权益和声誉。