房地产商将一部分商品房卖给政府做安置房，这一行为在符合一定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法性的前提条件：

   • 证件齐全：房地产商在销售商品房给政府作为安置房之前，必须确保项目已依法取得土地使用证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证及商品房预售许可证等相关证件。这些证件是项目合法性的基础，也是销售行为合法的前提。
   • 符合规划：安置房的建设必须符合城市规划要求，且房地产商需按要求完成所有审批手续。
   • 政府同意：房地产商与政府之间应签订正式的购房合同或协议，明确双方的权利和义务，确保销售行为的合法性和有效性。

2. 合法性的具体表现：

   • 产权清晰：若安置房已办理产权登记，即取得了房产证，则房地产商有权进行销售，且销售行为合法。此时，安置房的买卖与普通商品房无异。
   • 符合政策：部分安置房在满足一定条件（如取得房产证满一定年限、补缴土地出让金等）后可以上市交易。房地产商在销售此类安置房时，需确保房屋已达到当地政策规定的上市交易条件，并遵守相关法律法规和交易规则。

3. 可能的不合法情形：

   • 未取得相关证件：若房地产商在未取得必要的建设和销售证件的情况下擅自售卖商品房作为安置房，则此行为违法。
   • 违反政府规定：若当地政府有特殊的限制交易规定（如安置房只能定向销售给特定的安置对象），而房地产商违反这些规定进行销售，则此行为同样不合法。

4. 法律建议：

   • 房地产商在销售商品房给政府作为安置房时，应仔细核查项目的相关证件和审批手续，确保销售行为的合法性。
   • 双方应签订正式的购房合同或协议，明确房屋的价格、交付时间、产权转移等关键条款，以保障双方的合法权益。
   • 购房者（政府或安置对象）在购买安置房时，也应仔细核查房屋的相关证件和产权登记情况，确保购买的房屋合法且权属清晰。

综上所述，房地产商将一部分商品房卖给政府做安置房，在符合相关证件齐全、符合规划、政府同意等条件下是合法的。但需注意遵守相关法律法规和交易规则，确保销售行为的合法性和有效性。