自来水厂管道埋在农田里是否违法，取决于具体情况。以下是对此问题的详细分析：
一. 涉及土地使用规划的情况
未经审批改变土地用途：
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》等法律规定，禁止任何单位和个人未经批准擅自改变土地用途。
- 分析：如果自来水厂未经土地所有者或使用者的同意，也未获得相关部门的批准，擅自在农田里埋设管道，这改变了土地的原有用途，属于违法行为。
- 后果：可能面临责令恢复原状、罚款等行政处罚，甚至构成犯罪，需要承担刑事责任。
合法审批的情况：
- 分析：如果自来水厂埋设管道的行为经过了合法的土地使用规划审批，且获得了土地所有者或使用者的同意，那么这种行为是合法的。
- 实例：例如，为了农田水利建设或公共供水设施的需要，自来水厂经过审批在农田里埋设管道，这是为了公共利益，且遵循了法定程序。
二. 涉及水资源管理的情况
未经批准开采地下水：
- 法律依据：根据《中华人民共和国水法》第七条、第四十八条，国家对水资源实行取水许可制度和有偿使用制度。
- 分析：如果自来水厂埋设管道涉及未经批准的私自开采地下水，那么这种行为是违法的。
- 后果：可能受到水行政主管部门的处罚，包括责令停止违法行为、恢复原状、罚款等。
合法取水的情况：
- 分析：如果自来水厂依法取得了取水许可，并按照许可的范围和条件开采地下水，那么这种行为是合法的。
三. 涉及环境保护和农田使用的情况
环境影响：
- 分析：如果自来水厂埋设管道对农田的生态环境造成了破坏，如改变了水流的自然状态、影响了周边土壤的质量等，可能违反环境保护相关法规。
- 后果：可能面临环保部门的处罚，并要求采取措施恢复生态环境。
农田使用影响：
- 分析：如果自来水厂埋设管道导致农田无法正常使用或对农田使用造成了严重限制，可能构成对农田的占用或侵害。
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》等法律规定，对土地的占用或侵害需要依法进行补偿或赔偿。
我的观点：自来水厂管道埋在农田里是否违法，需要综合考虑土地使用规划、水资源管理、环境保护和农田使用等多方面因素。如果未经合法审批擅自埋设管道，很可能构成违法行为。因此，建议自来水厂在进行此类行为前，务必获得合法的批准和土地所有者或使用者的同意，并严格遵守相关法律法规的规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。