针对“公司退款超过三个月了怎么办”这一问题，首先需明确的是，具体的法律应对措施将依据实际情况及合同条款而有所不同。以下是从几个关键角度给出的分析和建议：

1. 检查合同条款：

   • 退款期限：首先，应仔细审查与公司之间的合同或协议，特别是关于退款的相关条款。若合同中明确规定了退款的具体时间限制，且公司已超过该时间限制未退款，则公司可能已构成违约。
   • 违约责任：进一步查看合同中是否规定了违约时的责任承担方式，如违约金、赔偿损失等，这将为后续的维权提供法律依据。

2. 与公司沟通：

   • 在确定公司存在违约行为后，建议首先通过正式渠道（如书面函件、电子邮件等）与公司进行沟通，明确表达退款要求及依据，并询问公司未能及时退款的具体原因。
   • 尝试与公司协商解决方案，如确定具体的退款时间、方式等。

3. 法律途径维权：

   • 若与公司沟通无果，或公司拒绝承认违约并拒绝退款，可考虑通过法律途径维权。
   • 根据合同中的争议解决条款，可能包括诉讼或仲裁等方式。选择适当的维权方式，并准备充分的证据材料（如合同、交易记录、沟通记录等）以支持自己的主张。

4. 消费者保护机构投诉：

   • 若涉及消费者权益保护问题，还可以向相关消费者保护机构（如消费者协会、市场监管局等）进行投诉，寻求其帮助和支持。

5. 注意保留证据：

   • 在整个过程中，应特别注意保留所有与退款相关的证据材料，包括合同、交易凭证、沟通记录、退款申请记录等。这些证据将在后续的维权过程中起到至关重要的作用。

综上所述，针对公司退款超过三个月的情况，应先检查合同条款明确退款期限和违约责任，再与公司进行沟通协商；若沟通无果，则可通过法律途径或消费者保护机构进行维权。在整个过程中，务必注意保留所有相关证据以支持自己的主张。