公司给员工签合作协议来代替劳动合同管理员工上下班，这种做法是不正常的，也不合法。下面我从几个角度来分析这个问题：
- 合同性质与目的：
- 合作协议：通常用于合作双方为共同实现某一目标而订立的协议，强调的是双方的合作关系和权利义务。
- 劳动合同：是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，具有法定性和强制性。
合作协议不能替代劳动合同，因为两者在性质、目的和法律效力上存在显著差异。
- 法律法规要求：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。
- 劳动合同应当具备劳动合同期限、工作内容和工作地点、工作时间和休息休假、劳动报酬、社会保险、劳动保护、劳动条件和职业危害防护等必备条款。
公司给员工签合作协议来管理上下班，显然不符合劳动合同法的相关规定，无法保障员工的合法权益。
员工权益保护：
- 劳动合同是员工权益的重要保障，通过明确双方的权利和义务，确保员工在劳动过程中的合法权益不受侵害。
- 合作协议由于缺乏劳动合同的法定性和强制性，无法为员工提供同等的权益保护。
法律风险与后果：
- 公司如果以合作协议代替劳动合同，将面临法律风险，包括被劳动监察部门处罚、承担经济补偿责任等。
- 员工也有权要求公司签订劳动合同，并主张相应的劳动权益。
综上所述，公司给员工签合作协议来管理员工上下班是不正常的，也不符合法律法规的要求。建议公司应当与员工签订正规的劳动合同，明确双方的权利和义务，确保员工的合法权益得到保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。