根据您描述的情况，您儿子原本只是在学校文件上签名，但后来这份文件却变成了借款协议书，这确实是一个需要仔细分析的问题。以下是我根据您的陈述，结合法律实务经验，给出的详细解答：

1. 核心结论：首先，需要明确的是，如果签名是在不知情或误导的情况下完成的，且该借款协议书的内容与原本签名的意图完全不符，那么这份借款协议书可能存在法律上的瑕疵，甚至可能无效。

2. 分析角度：

   • 签名背景：我们需要详细了解签名时的具体情况，包括签名的目的、是否有阅读并理解文件内容、是否有受到欺诈或胁迫等。这些因素将直接影响借款协议书的法律效力。
   • 文件内容：借款协议书的具体内容也是关键。需要查看协议书中是否明确载明了借款金额、借款期限、利息、还款方式等关键条款，以及这些条款是否合理、合法。
   • 法律后果：如果借款协议书被认定为有效，那么您儿子将需要承担相应的法律责任，包括按照协议还款等。如果协议书存在瑕疵或无效，那么您儿子可能无需承担这些责任。

3. 建议措施：

   • 收集证据：尽快收集与签名和借款协议书相关的所有证据，包括签名时的视频、音频、证人证言等，以证明签名的真实意图和借款协议书的形成过程。
   • 法律咨询：由于这个问题涉及复杂的法律问题，建议您尽快咨询专业的律师。我可以为您提供详细的法律咨询，帮助您分析案情、评估风险，并给出具体的法律建议。
   • 法律途径：如果借款协议书确实存在问题，您可以通过法律途径来维护您儿子的合法权益，包括与对方协商、提起诉讼等。

总之，这个问题需要综合考虑多个因素，包括签名背景、文件内容和法律后果等。我建议您尽快收集证据，并咨询专业的律师，以便更好地维护您儿子的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。