您好，关于《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条中提到的罚款问题，我可以给您一个清晰、详细且深度的解答。

首先，我们需要明确这一法条的具体内容。该法条规定，对于未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的行为，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门将责令停止建设。接下来，根据是否可以采取改正措施消除对规划实施的影响，会有不同的处理方式：

1. 尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的：

   • 这种情况下，会限期改正，并处以建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。这里的罚款是针对违法建设部分，即未按照规划许可或未取得规划许可进行建设的部分，而不是针对合法建设面积。

2. 无法采取改正措施消除影响的：

   • 这种情况下，会限期拆除。如果不能拆除，将没收实物或者违法收入，并可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。同样，这里的罚款也是针对违法建设部分。

从上述内容可以看出，《城乡规划法》第六十四条中提到的罚款是针对违法建设行为的，与合法建设面积无关。罚款的计算是基于建设工程造价的百分比，而这个“建设工程造价”指的是违法建设部分的总造价，不包括合法建设的部分。

因此，回答您的问题：《城乡规划法》第六十四条所说的罚款百分之五到百分之十是针对违法建设部分的，不包括合法建设面积。希望这个解答能够帮到您。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。