在行政诉讼案件中，申请指定管辖是一个涉及法律程序的重要环节。以下是对如何申请指定管辖的详细解答：

一、指定管辖的法律依据

根据《中华人民共和国行政诉讼法》（2017年修正）第二十三条的规定，有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权的，或者人民法院对管辖权发生争议且协商不成的，可以由上级人民法院指定管辖。这为指定管辖提供了明确的法律依据。

二、指定管辖的适用情形

1. 因特殊原因无法行使管辖权：

   • 如自然灾害（地震、洪水等）导致法院无法正常办公。
   • 突发公共卫生事件（如疫情封控）影响诉讼活动。
   • 法院自身存在重大利益冲突，可能影响案件公正审理。

2. 管辖权争议：

   • 两个或多个法院对同一案件均主张或均否认管辖权。
   • 在这种情况下，争议法院应首先进行协商；协商不成时，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。

三、指定管辖的申请流程

1. 识别需要指定管辖的情形：

   • 当事人或法院发现存在上述特殊原因或管辖权争议。

2. 提出申请或报告：

   • 如果是因特殊原因无法行使管辖权，受影响的法院可以向其上级法院提出申请，说明无法行使管辖权的具体原因。
   • 如果是管辖权争议，争议双方法院应首先进行协商；协商不成时，共同向上级法院报告，并请求指定管辖。

3. 上级法院审查并作出决定：

   • 上级法院将审查申请或报告，并根据实际情况作出指定管辖的决定。
   • 指定管辖的决定通常以裁定的形式作出，明确指定具体管辖法院。

4. 执行指定管辖：

   • 被指定的法院必须接受并审理案件，指定管辖的效力高于法定管辖。

四、注意事项

1. 不得重复指定：上级法院指定管辖后，被指定法院不得再次移送或推诿。
2. 与移送管辖的区别：移送管辖是受理法院发现无管辖权后主动移送，而指定管辖需上级法院介入。
3. 与管辖权转移的差异：管辖权转移基于上下级法院的主动调整，指定管辖则针对特殊情况或争议。

五、实践意义

指定管辖在行政诉讼中具有重要实践意义，它有助于保障当事人的诉权，避免因法院无法履职或管辖权争议导致案件久拖不决；同时，它也能维护司法公正，通过异地管辖等方式排除地方干预，提升审判独立性；此外，它还能优化司法资源配置，合理分配案件负担，避免特定法院积案过多。

综上所述，申请指定管辖是行政诉讼中一个重要的法律程序，它涉及到案件的管辖权和审理效率。当事人或法院在遇到相关情形时，应依法提出申请或报告，并遵循上级法院的指定管辖决定。